Ойконим Гусиноозёрск образован методом калькирования лимнонима Галуута нуур с бурятского языка. Бурятское название, в свою очередь, связано с тем, что жители окрестных улусов собирали гусиные перья на берегах озёр, которые впоследствии образовали Гусиное озеро. Первые сведения русских и европейских путешественников о том, что волны Гусиного озера выбрасывают на берег «твёрдый земляной уголь» относятся к 1772 году. В 1890-х годах В. А. Обручев провёл исследование Гусиноозёрского месторождения и указал на возможность его промышленного освоения. В 1932−1935 годах геолог И. Я. Сотников проводит предварительную разведку на восточном берегу в районе сопки Баин-Зурхэ (Южный участок). 26 августа 1934 года бюро Бурят-Монгольского обкома ВКП(б) передаёт Гусиноозёрское месторождение угля в ведение треста «Востсибуголь».
История
В сентябре начинается закладка шахты и строительство посёлка. Но в виду удалённости и трудностей по транспортировке, работы на шахте у сопки Баин-Зурхэ были приостановлены. 17 февраля 1938 года бюро Бурят-Монгольского обкома ВКП(б) принимает постановление «Об использовании местного минерального топлива» и ставит задачу о всемерном освоении Гусиноозёрского месторождения. В августе—сентябре на месте нынешнего города закладываются разведочно-эксплуатационные шахты № 2 и № 5. В ноябре 1938 года СНК СССР передаёт разработку месторождения бурого угля от треста «Востсибуголь» Букачачинскому исправительно-трудовому лагерю ГУЛАГ НКВД СССР, преобразованному впоследствии в Гусиноозёрлаг (1940—1942). В 1939 году начинается строительство посёлка на Северном участке (посёлок Северные Шахты).
По железнодорожной ветке до станции Загустай пошли первые составы с углём. В годы Великой Отечественной войны на шахтах Гусиноозёрлага трудилось свыше двух тысяч заключённых. В 1942 году работы по освоению месторождения были вновь переданы тресту «Востсибуголь». По окончании войны прибыло полторы тысячи репатриированных советских военнопленных и триста японских пленных солдатКвантунской Армии. Японцы работали на шахтах, строили в посёлке жилые и общественные здания, многие из которых существуют и поныне. В послевоенные годы посёлок рос и развивался. Была запущена электростанция мощностью 1000 квт, открыты школа ФЗО, больница, столовая, кинотеатр и др. 28 апреля 1948 года населённый пункт Шахты был отнесён к категории рабочих посёлков. Осенью того же года состоялась депортация японских военнопленных. Память о них осталась в построенных ими зданиях и названии урочища Японка на южной окраине города. 15 июня 1953 года рабочий посёлок Шахты был преобразован в город районного подчинения и назван Гусиноозёрском по озеру Гусиному, на берегу которого расположен. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 21 июня 1961 года административный центр Селенгинского аймака Бурятской АССР из села Новоселенгинск перенесён в город Гусиноозёрск. В 1966 году начинается открытая разработка Холбольджинского угольного месторождения к югу от сопки Баин-Зурхэ на восточном берегу Гусиного озера.
В ноябре 1968 года в устье реки Загустай начинается строительствотепловой электростанции. 22 декабря 1976 года, в День энергетика, запущена первая очередь Гусиноозёрской ГРЭС.Семидесятые-восьмидесятые годы XX века отмечены подъёмом экономики города. Помимо предприятий угольной промышленности и энергетики действовали радиозавод, хлебозавод. молокозавод, кирпичный завод, швейная фабрика. лесоперерабатывающее предприятие, строительные организации. Территория Гусиноозёрска значительно увеличивается. Строятся микрорайоны энергетиков, угольщиков, работников радиозавода с пятиэтажными жилыми домами, школами, детскими садами, магазинами. 27 декабря 1977 года Гусиноозёрск преобразован в город республиканского (АССР) подчинения и выведен из состава Селенгинского района. 24 февраля 1982 года улус Тухум Загустайского сомсовета включён в черту города Гусиноозёрск. В 1990-е годы, с развалом СССР, основные предприятия советского периода ввиду нерентабельности производства закрываются. Из-за низкого качества новых угольных пластов прекращается работа Гусиноозёрских шахт. В 2000 году закрывается Холбольджинский угольный разрез, бывший более двух десятилетий одним из основных предприятий города. В 1998 году Гусиноозёрск перестал быть городом республиканского подчинения и был включён в состав Селенгинского района. В 2013 году в городе открылся межрайонный сосудистый центр, где проходят лечение жители Селенгинского, Кяхтинского, Джидинского и Закаменского районов. В феврале—марте 2015 года в Гусиноозёрске состоялись XIII Республиканские зимние сельские спортивные игры.
